Mostrando-se capaz de prolongar de maneira inovadora o seu inigualável passado, a Universidade de Coimbra criou em 2001 uma instituição que é única à escala nacional: o Instituto de Investigação Interdisciplinar, III (leia-se "três is"). O III é uma nova unidade orgânica (isto é, tem paridade com as Faculdades tradicionais) que alberga quase todos os Centros de Investigação da Universidade de Coimbra, funcionando como um “guarda-chuva” protector dos trabalhos de investigação e dos investigadores. Mais do que isso, o III procura desenvolver o diálogo interdisciplinar, consolidando e incrementando a produção de novos conhecimentos. De facto, tirando o melhor partido das diferentes visões disciplinares, a interdisciplinaridade revela-se hoje, mais do que nunca, uma ideia imprescindível à descoberta do mundo e à construção de futuro.

O III reúne cerca de 40 unidades de investigação, todas elas avaliadas pela Fundação para a Ciência e Tecnologia e que representam mais de 1.600 investigadores. O seu trabalho engloba as áreas das Ciências Exactas e Naturais, Tecnologias e Ciências Sociais e Humanas, criando desta forma um notável conjunto de sinergias.

Os três programas interdisciplinares que se encontram em curso mostram algum do potencial científico existente em Coimbra: um foca as ciências biomédicas, outro as ciências do ambiente e outro ainda a geografia e história regionais. Outros programas estão em fase de planeamento (nomeadamente em temas como novos materiais e nanotecnologias, tecnologias da informação e comunicação, etc.), o mesmo ocorrendo com acções de pós-graduação em áreas interdisciplinares (ciência e sociedade, risco e prevenção, etc.) e a instalação de laboratórios de utilização comum (computação avançada, etc.).

A acção do III – que opera ainda na difusão da cultura científica – é complementada pelo Gabinete de Apoio às Transferências do Saber, vocacionado para a dinamização do tecido empresarial a partir do conhecimento gerado na Universidade. 

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